Farmakonisi ha connessioni via mare con Agathonisi, Arkyi, Leros, Lipsi e Patmos (Isole Dodecaneso) e Pythagorio/samos (Isole Egeo Nord Orientale). Il collegamento navale Farmakonisi - non è provisoriamente fornito da compagnie di navigazione convenzionate con i servizi di NetFerry.